Program Studi Sarjana Kartografi dan Penginderaan Jauh dalam memastikan jaminan mutu prodi menggunakan sistem ISO 9001:2008 dan juga menggunakan standar yang diterapkan oleh BAN-PT (Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi). Standar kinerja pendidikan yang digunakan dalam BAN-PT meliputi 1) Visi, Misi, Tujuan dan Sasaran serta Strategi dalam mencapai tujuan, 2) Struktur Organisasi, Kepemimpinan, Sistem Pengelolaan dan Jaminan Mutu, 3) Mahasiswa dan Alumni, 4) Sumber Daya Manusia, 5)Kurikulum, Sistem Pembelajaran, Lingkungan Akademik, 6) Sistem Anggaran, Infrastruktur dan Sistem Informasi, serta 7) Penelitian, Pengabdian Masyarakat dan Kerja Sama.
Pada tahun 2014, Program Studi Kartografi dan Penginderaan Jauh memperoleh akreditasi A dari BAN-PT dengan SK No. 451/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2014, yang berlaku hingga 14 November 2019. Program studi ini kemudian melakukan re-akreditasi pada tahun 2019 dan mendapatkan nilai akreditasi A melalui SK BAN-PT No. 2946/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2019, berlaku hingga 7 Agustus 2024.
Program Studi Sarjana Kartografi dan Penginderaan Jauh juga berusaha untuk dapat meningkatkan kualitas pendidikan serta pelayanan dengan mengikuti program akreditasi internasional pada tahun 2018 melalui badan akreditasi internasional ASIIN (Akkreditierungsagentur für Studiengänge der Ingenieurwissenschaften, der Informatik, der Naturwissenschaften und der Mathematik e. V.) yang berpusat di Jerman. Dalam akreditasi ini, tidak hanya dilakukan evaluasi terkait kurikulum yang dibangun tetapi juga apakah proses pelaksanaannya telah memenuhi standar internasional. Program Studi Sarjana Kartografi dan Penginderaan Jauh berhasil memperoleh akreditasi internasional ASIIN yang akan berlaku selama 5 tahun hingga 30 September 2024, dimana hal ini menandakan bahwa seluruh proses bisnis yang dilakukan oleh program studi telah memenuhi standar kualitas setara Level 6 of the European Qualifications Framework for Live-long Learning.
Atas perolehan akreditasi internasional tersebut, sesuai dengan SK BAN-PT Nomor 3223/SK/BAN-PT/Akred-Itnl/S/V/2020 tentang Penyetaraan Peringkat Akreditasi Program Studi Kartografi dan Penginderaan Jauh pada Program Sarjana Universitas Gadjah Mada, Kota Yogyakarta dari Akkreditierungsagentur für Studiengänge der Ingenieurwissenschaften, der Informatik, der Naturwissenschaften und der Mathematik e. V. (ASIIN) maka Program Studi Kartografi dan Penginderaan Jauh juga mendapat penyataraan sebagai Program Studi dengan Peringkat Akreditasi Unggul yang berlaku sejak 20 Mei 2020 hingga 30 September 2024.
